Creados en la pasada administración de Francisco Martínez Neri, el gobierno de Oaxaca de Juárez que ahora preside Raymundo Chagoya Villanueva mantiene en su gestión a los institutos de Planeación, del Deporte, de la Juventud y de Lenguas Indígenas. A diferencia de las secretarías, sus nombres no fueron modificados.
Sin embargo, su presupuesto solamente aumentó ligeramente en este año 2025 según el presupuesto de egresos.
Respecto del año 2024, cuando se le asignaron 5 millones 118 mil 250.05 pesos, el Instituto de Planeación tendrá en este año 5 millones 374 mil 162.57 pesos; el de la Juventud pasó de 2 millones 685 mil 82.16 pesos a 2 millones 819 mil 336.28 pesos; el del Deporte aumentó de 2 millones 899 mil 9.42 pesos a 3 millones 43 mil 959.91, y el de Lenguas Indígenas de un millón 266 mil 619.86 pesos a un millón 329 mil 950.86.
Además de esto, no se han hecho públicos los nombramientos de todos los titulares de los institutos, pues falta al menos el del Deporte.
El pasado 23 de diciembre, cuando el entonces presidente municipal electo dio a conocer a su gabinete ampliado, señaló que al frente del Instituto Municipal de la Juventud estará Alejandro Avilés Corona, hijo del diputado federal y ex candidato a la gubernatura Alejandro Avilés Álvarez.

En el Instituto Municipal de las Lenguas Indígenas, María del Carmen Sierra Cruz (quien formó parte de la planilla con la que el ex presidente municipal Francisco Martínez Neri buscó la reelección). En el Instituto Municipal de Planeación designó a Zazil-U Oliva Alonso González, quien se ha desempeñado en la Secretaría de Finanzas del gobierno estatal.
Sin embargo, quedó pendiente el nombre de quien estará en el Instituto Municipal del Deporte.
De acuerdo con el Bando de Policía y Gobierno de Oaxaca de Juárez, todos los institutos son organismos públicos descentralizados con personalidad jurídica y patrimonio propio. En el caso del de Planeación, su objetivo “corresponde el diseñar, implementar y dar seguimiento a las políticas públicas y proyectos estratégicos relacionados con el Plan Municipal de Desarrollo, programas y planes sectoriales, de conformidad con la normatividad Federal y Municipal”.
En tanto, al de la Juventud le corresponde “diseñar e implementar políticas públicas que fomenten el desarrollo de los jóvenes, a través de una participación activa en la vida social y económica dentro del Municipio”.
El del Deporte tiene como objetivo “elaborar, impulsar e implementar programas y acciones en materia deportiva con la finalidad de visibilizar su importancia en el cuidado de la salud en todos los niveles de la sociedad y coordinar la participación de los organismos públicos o privados de la materia”.
El de Lenguas Indígenas es el “encargado de implementar acciones estratégicas para el reconocimiento, protección, impulso, rescate, fortalecimiento, promoción y desarrollo del patrimonio cultural, conocimientos tradicionales y lenguas indígenas de las comunidades indígenas y afromexicanas y sus instituciones, asentadas en el territorio del Municipio de Oaxaca de Juárez”.