Al contar con la mayoría absoluta, la Fracción Parlamentaria del Partido Movimiento de Regeneración Nacional (Morena), mantendrá la presidencia de la Junta de Coordinación Política (Jucopo) de la LXV Legislatura del Congreso del Estado de Oaxaca.
Además, las y los diputados de Morena continuarán con la mayoría de las Comisiones Permanentes de mayor relevancia, ya que de las 35 que existen actualmente, 22 son encabezadas por los morenistas.
Destacan las Comisiones Permanentes de Administración y Procuración de Justicia, Pueblos Indígenas, Bienestar y Fomento Cooperativo, así como Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación, Estudios Constitucionales, Infraestructuras, Desarrollo Urbano y Ordenamiento Territorial.
Además de la Comisión de Presupuesto y Programación, Comisión de Salud, Vigilancia del órgano Superior de Fiscalización del Estado, Corredor Interoceánico y Programas de Desarrollo Regional y la Comisión de Vigilancia de la Deuda Pública del Estado.
En segundo lugar, se ubica el Partido Revolucionario Institucional (PRI) con cinco Comisiones Permanentes, en las que destacan Gobernación y Asuntos Agrarios, Comisión de Hacienda e Igualdad de Género.
El Partido Verde Ecologista de México (PVEM) preside dos comisiones, destaca el de Agua y Saneamiento, el Partido de la Revolución Democrática (PRD) también tiene dos, mientras los partidos Acción Nacional, Unidad Popular (PUP), Nueva Alianza (NAO) y del Trabajo (PT), presiden una Comisión cada uno.
Para el segundo año legislativo de la 65 Legislatura, se contempla que Morena nuevamente encabece la Jucopo, en tanto de respetarse la rotación en la elección de la Mesa Directiva, el Grupo Parlamentario del PRD encabezaría la Presidencia de este órgano legislativo al ser la tercera fuerza parlamentaria.
De conformarse una nueva fracción parlamentaria como lo pretenden realizar cinco diputados y diputadas de Morena, este partido le cedería al menos un año la presidencia de la Jucopo a la segunda fuerza política como es el PRI, sin embargo, a la fecha no se ha oficializado la conformación de la Fracción Parlamentaria de la Cuarta Transformación.
