Cada día que pasa va en aumento la contaminación del río Atoyac por los desechos que son arrojados como por las aguas negras que se siguen vertiendo por parte de diversos asentamientos humanos, los cuales provocan severos problemas en el medio ambiente.
Integrantes del Frente Ciudadano Juntos Rescatando al Río Atoyac, alertaron sobre el impacto que ha ocasionado la basura y todo tipo de desechos en los mantos freáticos, por eso se necesita realizar un estudio que permita saber sus alcances y que determinen el grado de contaminación de los mantos freáticos por los lixiviados de metales pesados como el plomo o el cadmio.
Carlos Reyes Osante planteó la necesidad de detener y evitar que el Atoyac siga recibiendo descargas de aguas residuales de drenaje, residuos industriales y de lixiviados por los desechos que se siguen arrojando de manera indiscriminada. 
Además los activistas pidieron detener la extracción de material pétreo, la cual impide que el agua sea filtrada y por lo tanto resulta más difícil su recuperación natural, ante lo cual se ha solicitado la intervención de las autoridades del ramo, desde estatales como federales y municipales.
La organización Juntos rescatando el río Atoyac mantiene su exigencia para poner en marcha un plan de rescate integral y el estudio de impacto ambiental, que ya aprobó el cabildo de Oaxaca de Juárez.
El mayor problema se debe a las descargas de aguas residuales que se van sucediendo a lo largo del afluente que cruza las zonas urbanas de la ciudad de la capital del estado y municipios conurbados.
Esta misma problemática la enfrentan las cuencas principales de los ríos Salado, San Felipe o Jalatlaco, los cuales incluyen en sus afluentes corrientes de aguas nacionales que están declaradas como propiedad de la nación.
Son las descargas de aguas residuales de tipo municipal, ya sea por las poblaciones o fraccionamientos de los diversos municipios y localidades que se ubican en estas cuencas, lo que representa la principal razón de la contaminación.
Preocupación extrema
Las autoridades de municipios conurbados han externado su preocupación, pues consideran que el afluente se ha convertido en drenaje a cielo abierto y representa un serio problema de salud pública.
Presidentes municipales de Oaxaca de Juárez, San Agustín de las Juntas, San Antonio de la Cal, Santa María Coyotepec, Santa Cruz Xoxocotlán, San Andrés Huayapan, Villa de Zaachila, entre otros, coincidieron que el Atoyac es un afluente de aguas negras a campo abierto.
Comprometidos a realizar acciones encaminadas al saneamiento del afluente, reconocen que la principal problemática es la recolección y el manejo de residuos, máxime que resulta muy costoso seguir utilizando el tiradero de Zaachila.
Nahuel Beccan Dávila, arquitecto y urbanista, consideró que recuperar el esplendor de los ríos es una tarea muy difícil y muy costosa pero se puede iniciar con pequeñas acciones, rescatando pequeños arroyos, riachuelos y sanear el agua, de esta manera demostrar que si es posible convertirlos nuevamente en fuentes de vida.
Posteriormente es necesario llevar a cabo acciones más grandes para rescatar ríos completos, como el río Atoyac y el río Verde que son muy grandes y el costo para sanearlos sería enorme, pero es posible rescatarlos, destacó el especialista.
Por su parte, la Secretaría del Medio Ambiente, Energías y Desarrollo Sustentable, confirmó un plan de saneamiento de los ríos Atoyac y Salado, los dos más grandes que cruzan la zona metropolitana y cuyo proyecto requeriría una inversión global de 500 millones de pesos.
El objetivo es trabajar en cien kilómetros de los afluentes para beneficiar de manera directa a 80 municipios asentados en cinco distritos: Oaxaca, Ocotlán, Tlacolula, Zimatlán y Etla.
El río Atoyac cruza la región de Valles Centrales en el estado y es el afluente más importante de la capital oaxaqueña, pero también es el río más contaminado de la entidad. Buena parte de la contaminación que afecta al río tiene su origen la falta de uso de dos plantas de tratamiento de aguas negras que hay en el Valle de Oaxaca.
De acuerdo con el Tribunal Latinoamericano del Agua, la condición de alta contaminación del río Atoyac conlleva múltiples daños identificados y riesgos potenciales, entre éstos la contaminación del acuífero de la Ciudad de Oaxaca ya que la carga contaminante del río se infiltra hasta el acuífero que abastece de agua potable a la capital.
Es uno de los ríos más grandes que hay en Latinoamérica por sus dimensiones, longitud y la cobertura de la misma cuenca por su superficie y su impacto en el territorio, nace en la comunidad de San Sebastián, al noroeste de la ciudad de Oaxaca de Juárez y a partir de su nacimiento, bajando estas aguas inicia un proceso de contaminación.
El abatimiento del río comienza desde los años 30, con la introducción del drenaje de la ciudad de Oaxaca, pero incrementa de manera considerable con la introducción de los sanitarios pues las soluciones higiénicas fueron descargar al río.
