Organizaciones civiles y representantes de las diversas agencias municipales y ejidos del municipio de San Juan Guichicovi, coinciden que la violencia que se vive en esta comunidad se deriva de la lucha interna por el poder municipal y la repartición de los recursos públicos.
Referencias históricas y políticas de este municipio ubicado en la zona norte de la región del Istmo de Tehuantepec, destacan que por muchos años sus autoridades fueron electas por usos y costumbres hasta 1992 cuando se cambió al sistema de partidos políticos.
A la fecha cuenta con ocho agencias municipales, diez agencias de policía y siete representantes de núcleos rurales, que junto con los habitantes de la cabecera municipal eligen a sus autoridades.
En los inicios de los gobiernos mediante el sistema de partidos políticos, las autoridades provenían del Partido Revolucionario Institucional (PRI), Cástulo Arrona Antonio (1993-1995), Rosalino Álvarez María (1996-1998) y Francisco Sánchez Rosas (1999-2001).
Con la llegada de la alternancia en la Presidencia de la República en el año 2000, en esta comunidad también lograron un cambio de gobierno con el Partido de la Revolución Democrática (PRD), por lo que Raynel Ramírez Mijangos asumió el poder.
Sin embargo, a decir de los pobladores y representantes de las organizaciones civiles que operan en la comunidad, desde el 2001 cuando asumió por primera vez el poder, un grupo de personas cercanas a Ramírez Mijangos ha controlado el municipio, estableciendo un cacicazgo de más de 20 años.
Entre 2001-2004, Ramírez Mijangos fungió como primer concejal; de 2005 a 2007, Edilberto Espinosa Juárez; de 2008 a 2010, el propio Raynel Ramírez regresó para ejercer el cargo; de 2011 a 2013, Heberto Luis Zacarías, mientras de 2014 a 2016 asumió la esposa de Ramírez Mijangos, Francisca Pineda Vera, por lo cual los comuneros denominaron el gobierno de la pareja imperial.
En 2017 a 2018, Ramírez Mijangos regresó al poder, mientras que en el 2018-2021 uno de sus colaboradores cercanos Heberto Luis Zacarías llegó al poder, y nuevamente fue reelecto para el periodo 2022-2024.
Representantes de las agencias municipales y de las organizaciones civiles como Por nuestra Justicia Social, Asamblea de Priorización y el Frente Unificado Obradorista por Guichicovi, han denunciado falta de obras en la comunidad y en el reciente proceso electoral, los habitantes denunciaron que grupos cercanos a la autoridad intentaron amedrentar a la ciudadanía en las diversas agencias y ejidos.
