De un total de 37 comisiones permanentes que se encuentran conformadas en la 66 legislatura del Congreso del Estado de Oaxaca, al menos el 95 por ciento se encuentran bajo control de Morena y aliados.
Las comisiones permanentes son: Administración pública, Administración y procuración de justicia, Agua y saneamiento, Atención a grupos en situación de vulnerabilidad, Bienestar, tequio, inclusión y fomento cooperativo.
Así como Caminos artesanales y vivienda, Corredor Interoceánico del Istmo de Tehuantepec y programas de desarrollo regional, Culturas y artes, Democracia y participación ciudadana, Derechos humanos, Deporte, Desarrollo económico, Educación, ciencia, tecnología e innovación, Estudios constitucionales.
Fomento agroalimentario y desarrollo rural, Fortalecimiento y asuntos municipales, Gobierno y asuntos agrarios, Hacienda, Infraestructura y comunicaciones, Instructora, Interculturalidad, pueblos y comunidades indígenas y afro mexicanas, Medio ambiente, biodiversidad, energías, sostenibilidad y cambio climático, Migración y asuntos internacionales.
Movilidad y transportes, Mujeres e igualdad de género, Niñez, adolescencia y juventudes, Presupuesto y programación, Régimen, reglamentos y prácticas parlamentarias, Salud, Seguridad pública y protección civil, Trabajo y seguridad social, Transparencia, acceso a la información y congreso abierto, Turismo, Vigilancia de la auditoría superior de fiscalización del estado, Vigilancia del sistema estatal de combate a la corrupción.
Vigilancia y seguimiento del sistema estatal de planeación y de la Comisión especial para la conmemoración del Bicentenario de la primera Constitución Política del estado libre y soberano de Oaxaca.
Las de mayor importancia, mismas que son presididas por Morena y fracciones parlamentarias aliadas, destacan la de Administración y procuración de justicia, Bienestar, tequio, Inclusión y fomento cooperativo, Caminos artesanales y vivienda, Corredor Interoceánico del Istmo de Tehuantepec y Programas de Desarrollo Regional.
