Debido que los ecosistemas y cuencas como los principales ríos que cruzan por la Zona Metropolitana de Oaxaca (ZMO), se encuentran al resguardo de las autoridades federales, corresponde a la Comisión Nacional del Agua (Conagua) sancionar a quienes contaminan los afluentes.
El río Salado es considerado por la Conagua como la segunda cuenca más importante de la región de los Valles Centrales de Oaxaca y tiene su nacimiento al oeste de la Villa de Mitla, recorriendo en más de 10 municipios de la Zona Metropolitana.
Las zonas con mayor contaminación por aguas residuales, se localizan en la zona identificada como Río Salado Bajo donde se ubican los municipios de Oaxaca de Juárez, Santa Lucía del Camino y San Antonio de la Cal.
Hasta en el 2023, las autoridades estatales identificaron al menos 58 descargas por aguas residuales en los ríos Atoyac y Salado, de los cuales el 60 por ciento ya fueron conectados a los colectores, sin embargo, el afluente continúa recibiendo una gran cantidad de aguas negras.
Aunque existen diversas denuncias públicas por la contaminación que generan las pipas que ofrecen servicios de vaciados de fosas sépticas, la Secretaría de Medio Ambiente del gobierno estatal dio a conocer que la instancia correspondiente para sancionar a los infractores, es la oficina de la Cuenca Pacífico Sur de la Conagua.
Por ello, debido a la falta de atención por parte de esta instancia gubernamental federal, las pipas que transportan aguas residuales descargan día y noche sus desechos en las coladeras que se ubican a orillas del Libramiento de Riberas del Río Salado entre los límites de los municipios de Oaxaca de Juárez y San Antonio de la Cal.
