Además de los bloqueos o protestas que han durado desde unas horas hasta varios días (como el último campamento de la Sección 22 y su manifestación del 5 de julio), el sistema de transporte metropolitano Citybus transita sobre vialidades con un sinnúmero de obstáculos. Baches, encharcamientos, la reducción de carriles o el tener que cambiar las rutas por obras son algunos de los inconvenientes.
Los obstáculos persisten incluso en el carril preferente que se rehabilitó hace varios años y que viene de la agencia Viguera hacia el centro de la ciudad de Oaxaca, por el que pasa la ruta 01 (Viguera-San Sebastián Tutla). Pero también son constantes en las avenidas Lázaro Cárdenas, Ferrocarril y Camino Nacional, que comparten esta ruta y la que comunica a la agencia Cinco Señores con el municipio de Tlalixtac de Cabrera (ruta 03). También en la avenida Símbolos Patrios, en donde pasa la ruta 02 (Walmart-Fovisste).
Al menos una parte de los tramos que recorren las tres rutas del Citybus lo hacen en medio de los baches (como en Lázaro Cárdenas y Ferrocarril) y la reducción de carriles debido a que varios vehículos usan los costados de las calles y avenidas como estacionamiento o zona de carga y descarga o porque aún hay obras de rehabilitación de la avenida Lázaro Cárdenas. Esto último en las calles donde la ruta 01 debe desviarse pasando el Centro Cultural y de Convenciones para ir por avenida Ferrocarril y volver a la primera para incorporarse a Camino Nacional.
Desde Viguera pasando por la calzada Madero, la avenida Independencia, la Lázaro Cárdenas, los baches son los más frecuentes.
En Camino Nacional, en San Sebastián Tutla, debido a que los carriles de los extremos se usan como estacionamiento, hay partes donde está vialidad de doble sentido solamente queda en un carril. Así ocurre en los límites de San Sebastián Tutla y Santa Cruz Amilpas.
En el caso de la ruta 03, el trayecto por la avenida Símbolos Patrios presenta menos baches, ya que la rehabilitación (obra del sexenio pasado en investigación) dejó la mayor parte de los carriles en mejores condiciones. Pero con excepción de los laterales, donde faltó reponer el asfalto a la altura de la colonia Eliseo Jiménez.
